中華民國112年6月29日以經科字第11202412380號令修正第三點規定
中華民國106年4月18日以經科字第10603458850號令修正第一點規定
中華民國104年8月12日以經科字第10403469940號令修正第六點規定
中華民國103年3月7日以經科字第10303463840號令修正第三點規定
中華民國102年8月9日以經科字第10203475730號令訂定發布
一、設獎宗旨
透過「總統創新獎」表揚在產品、技術、管理、服務或文化等多元領域有傑出創新成就且對國家經濟發展有具體貢獻者，以「創新」到「創業」之思維及動能協助產業結構轉型，形塑典範引領各界推動臺灣邁向創新經濟發展，建立完整國家創新體系進而創造經濟發展競爭優勢。
二、獎項定位
鼓勵產、官、學、研等之個人或團體，積極追求在產品、技術、管理、組織、行銷、服務或文化等多元創新與價值創造，帶動國家整體經濟發展與強化國際競爭力優勢。
三、總統創新獎推動組織
為辦理總統創新獎，設總統創新獎委員會，由經濟部部長擔任召集人，置委員共十五人至十九人為原則。除經濟部部長、總統府副秘書長、行政院副秘書長、中央研究院副院長、教育部部長、文化部部長、國家科學及技術委員會主任委員、國家發展委員會主任委員等八人為當然委員外，其餘委員由 總統聘請七位至十一位德高望重各界人士代表擔任之，並由經濟部次長擔任執行秘書。
總統創新獎委員會委員聘期二年，期滿並得續聘，均為無給職。
第一項委員，除當然委員依職務聘任外，其餘委員不因職務異動改聘。
總統創新獎委員會委員於聘任期間，不得被提名為候選人；因故於期中辭聘者，於原聘任期間屆滿前亦不得被提名為候選人。
總統創新獎委員會委員因故不足員額時，依第一項規定方式另聘委員補足原出缺委員之任期。
總統創新獎委員會會議召開時，除當然委員外，不得代理。代理人得就會議事項，行使各項會議權利，並得對會議臨時事宜全權處理。
四、辦理單位
五、獎項類別及名額
- 獎項組別分為團體組及個人組，其中個人組分為一般個人組及青年組（四十歲以下），每人每屆限擇一組參選。評審作業分為科技研發、文創加值、服務創新及人才培育等四項。
- 上開獎項每二年頒發一次，獎項名額分為團體組二名、一般個人組二名、青年組一名，共計五名為原則。
六、遴選程序
- 遴選對象資格
- 具備中華民國國籍之公民、我國政府機關(構)、單位或依法設立之學校、企業、社(財)團法人等團體。
- 分四階段辦理遴選作業
- 遴選階段分為推薦及公開徵求、遴選小組評選、總統創新獎之決審及呈報總統。
- 遴選時程：本要點施行後另以參選須知公告。
- 推薦及公開徵求
- 遴選以推薦及公開徵求方式進行。
- 參選者應依照「總統創新獎申請書」格式撰寫申請資料。
- 遴選小組評選
- 為辦理總統創新獎之遴選作業，設科技研發、文創加值、服務創新及人才培育四組遴選小組評審，各小組由總統創新獎委員會聘請九人至十三人組成，並由各遴選小組自行推舉召集人。遴選小組就參選名單進行逐案審查後，提出推薦名單至決審會議。
- 遴選小組會議至少須有三分之二以上委員出席，始得召開。會議進行審查時，應經出席委員討論後投票，獲得出席委員四分之三以上同意票者，始得通過。
- 遴選小組委員由總統創新獎委員會核聘，均為無給職。
- 總統創新獎之決審
- 為決議總統創新獎之得獎名單，由總統創新獎委員會委員與各遴選小組召集人組成決審會議，但遴選小組召集人因故不克出席者，得以書面委託該組遴選小組其他委員一人代理出席。
- 決審會議至少須有三分之二以上委員出席，始得召開。決審會議進行審查時，應經出席委員討論後投票，獲得出席委員四分之三以上同意票者，始得決議得獎名單。
- 呈報總統
- 經決審會議決議之得獎名單，由經濟部呈報總統，並於適當時機公布得獎名單。
- 頒獎及表揚方式
- 以隆重儀式由總統親自公開頒授獎金新臺幣二百萬元、並頒發獎牌、獎座及獲選證書。
七、本獎項作業相關經費，由經濟部編列年度預算支應。
